1999年,某個(gè)東西被卡車運(yùn)出了館山市。幾天后,哥斯拉登陸了館山,特生自衛(wèi)隊(duì)出動(dòng)與之展開(kāi)了苦戰(zhàn)。在戰(zhàn)斗中,自衛(wèi)隊(duì)員家城茜(釈由美子 飾)意外害死了戰(zhàn)友葉山二尉(森末慎二 飾),自己卻僥幸活了下來(lái),并被派去了資料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 飾)的指揮下,召集了湯原德光(宅麻伸 飾)等科學(xué)家開(kāi)始研究對(duì)付哥斯拉的G兵器。他們以在館山?jīng)_挖掘出來(lái)的初代哥斯拉骨骼為基礎(chǔ),用了四年制成了機(jī)械哥斯拉——3式機(jī)龍。柘植首相辭職,由科學(xué)技術(shù)廳長(zhǎng)官五十嵐隼人(中尾彬 飾)就任新首相。同時(shí),茜被派去了機(jī)龍隊(duì),擔(dān)任機(jī)龍的操作員。 就在準(zhǔn)備機(jī)龍測(cè)試機(jī)動(dòng)時(shí),哥斯拉又在東京灣出現(xiàn)了。機(jī)龍趕赴現(xiàn)場(chǎng)與哥斯拉對(duì)戰(zhàn),卻因哥斯拉的吼聲喚醒了體內(nèi)的野獸靈魂,突然暴走,在城市中造成了大破壞。 為了改良機(jī)龍,湯原改變了機(jī)龍DNA計(jì)算機(jī)的堿構(gòu)造,使機(jī)龍不會(huì)再受哥斯拉叫聲的干擾。但由于對(duì)再次暴走的擔(dān)憂,五十嵐遲遲不允許出動(dòng)機(jī)龍。 哥斯拉再度出現(xiàn)在東京灣,一路無(wú)視特生自衛(wèi)隊(duì)的攻擊來(lái)到了品川,令城市變成了一片火海。面對(duì)如此情景,五十嵐終于同意讓機(jī)龍出動(dòng)。 為了打敗哥斯拉,機(jī)龍被送到了品川。茜也抱著必死的覺(jué)悟。機(jī)龍和茜的戰(zhàn)斗就這樣開(kāi)始了。