正享受短暫假期的公安九課少校草薙素子(坂本真綾 配音)突然接到巴特(松田健一郎 配音)的報(bào)告,西之內(nèi)某處大廈遭受恐怖分子襲擊,政府高官和商業(yè)巨擎被人殺害。在草薙的指揮下,九課的石川、波瑪、帕茲、巴特等人通力合作,將恐怖分子徹底制服,但草薙在行動中意外受到神秘病毒感染。在西之內(nèi)恐怖襲擊的同時(shí),遠(yuǎn)郊的水壩發(fā)生爆炸案。新濱縣刑警陀古薩(新垣樽助 配音)傳喚水壩管理企業(yè)負(fù)責(zé)人沙特博士,對方是來自飽經(jīng)戰(zhàn)火的卡森共和國的卡爾迪斯人。受警方高層施壓,陀古薩沒有得到任何有用信息。另一方面,草薙一方得知恐怖分子的真實(shí)身份,正是卡爾迪斯的游擊隊(duì)組織。兩起案件意外聯(lián)系在一起,其背后隱藏怎樣的真相? 本片根據(jù)士郎正宗的原作改編,為攻殼機(jī)動隊(duì)前傳“ARISE”的第三部。