故事發生在1999年,那個不詳的世紀之末。坐落在深山之中,由于不斷的發生靈異事件而被稱為“超自然學院”的私立學校里,迎來了它年輕強勢的新一任校長——神代瑪雅(日笠陽子 配音)。絕對不相信有超自然力量存在的瑪雅,此行便是為了調查父親里奇的死因而來,這樣的她,遇見了一位名叫內田文明(水島大宙 配音)的神秘男子,剛剛登場的內田,便說出了讓瑪雅吃驚的話語,他居然來自未來的2012年! 這個形跡可疑的男子的話能夠相信嗎?2012年的世界是怎樣的景象?一連串意外讓瑪雅逐漸相信了內田的說辭,而內田究竟為何而回到過去,這原因也漸漸的浮出了水面。